Papa Françesku është vendosur në qendër të kritikave për shkak të një deklaratë të tij kundër homoseksualëve në shkollat priftërore.
Duke folur në një takim me dyer të mbyllura me peshkopët në Romë, nëse homoseksualët duhet të pranohen apo jo në seminare ku priftërinjtë e ardhshëm trajnohen, Papa Françesku u përgjigj duke thënë se “tashmë ka mjaft prani homoseksuale”, duke përdorur termin “frociaggine” (pederastë), i cili konsiderohet term ofendues. Kjo ka bërë që shumë qytetarë në Itali të dalin kundër Papës.
Nëntorin e kaluar u vendos që homoseksualët mund të pranoheshin në seminarët për priftërinj për sa kohë që ata nuk kishin një jetë seksuale, por ky vendim u bllokua nga Papa Françesku.
Megjithatë, që kur u zgjodh në këtë pozicion, Papa Françesku është përpjekur të përvetësojë një diskurs më gjithëpërfshirës në deklaratat e tij publike për personat LGBTI, duke i mërzitur shumë kardinalët konservatorë. Kur ai ishte pyetur për priftërinjtë homoseksualë, ai ishte përgjigjur "kush jam unë për të gjykuar?". (A2 Televizion)